魔法と科学が融合したこの世界では、剣や盾といった原始的な物品から、スマートフォンやピストルといった最新鋭のアイテムまで、多種多様な文化や技術が発達している。人々は薄々カオスな展開だなと察しながらも、魔法と科学の調和がもたらす恩恵を受けて豊かな生活を送っていた。ところが、そんなカオスながらも平和な日々は音を立てず崩れ去ろうとしていた。科学を根本的な所から拒絶する魔法至上主義を掲げる組織「WA」の登場により事態は急変し、各国ではWAや魔法と科学の共存を巡る問題などで持ちきりとなっていた。そして、大国ラスカを統治する女王に仕えるSPとして活動する主人公ロイ・グレイスフォーもまた、色々と面倒臭い厄介事に巻き込まれる破目となる。

戦後すぐに発生した大震災により、東京には巨大な穴が広がった。そして来る高度経済成長期にて、人々は東京に空いた穴から地下へ出向き、広大な地下都市を形成するプロジェクトに取り掛かった。時は流れ現代。大震災を経て復興した東京の地下都市「ジオ・トーキョー」は、人々の生活にも大きな影響を与えていた。ところが最近、ジオ・トーキョーにて未知の生物「ＤＳＰ」が発生、ＤＳＰによる怪奇現象が至る場所で目撃されるようになった。迅速な対応を迫られるようになった政府は、特務機関「JAGAR」を創設するが、事態はさほど改善されずにいた。一方、ＤＳＰの脅威が取り上げられるより前に、ＤＳＰの力を得た異能者が潜んでいた。ＤＳＰの異能の代行者、即ち「エージェント」と呼ばれる人々の存在は、ジオ・トーキョーの未来をどう左右するのか。

古代人の知識と様々な属性を宿した「ジェム」は世界に繁栄をもたらし、ジェムの力を利用して高度な文明が発達した。幼い頃から世界を好きなように旅している少女ティナ・ディアマントは、ある日、偶然訪れた洞窟の最深部で全部の属性を宿した非常に珍しいジェムを入手する。ところが、謎の組織「アルケミス」からの刺客が彼女の前に突如立ちはだかる。刺客をどうにか追い払ったティナだったが、それ以降もアルケミスは自身の持つジェムを奪おうと執拗に追跡する。そこでティナは旅の途中で出会った仲間達と共に、アルケミスとの戦いに身を投じることを決意した。

度重なるテロリズムや戦争を抑止するべく、先進諸国で「抑止開発機関」が組織されるのと同時に「戦争管理計画」が考案された。その結果、世界中のテロや紛争の抑止力となる「階級兵ランカーアント」という戦闘用クローン人間が誕生した。世界各地に派遣されたランカー達が、その超人的な身体能力と「抑止兵器デターラント」と呼ばれる特殊能力を行使したことで、ついに人類は世界規模での「武力」の管理に成功した。それから六十年が経過した2095年。完全な平和を手に入れたことで抑止開発機関は、用済みとなったランカーの「処分」を開始した。擁護派、狩猟派、管理派。ランカーを巡る三つ巴の死闘が始まろうとしていた。

血と硝煙の臭いが常に漂う近未来の暗黒街ヘイブンは、殺し屋を依頼主の下へ派遣し利潤を求める業種「KDC」によって支配されている。殺し屋の武器には全てID登録によって徹底的に制御管理され、会社の上層部の許可が降りなければ使用不可能となっている。そんな企業の管理下から逃れ、どこのKDCにも属さずフリーの殺し屋として活動している主人公マスタング・プレーリーは、相棒のシェルビー・フォードンと共に自由気ままに殺し屋稼業を営んでいたが……。殺戮が企業によって管理された時代に足掻く殺し屋の楽園は、果たして見付かるのか。

美しい海に囲まれた平穏な島国エリオット。そこに住むバニスター兄妹は、国立エリオット高校に通う高校生であると同時に、国が総力を掛けて育成している治安維持組織「HERO」の一員でもある。ある日、南方の大国チタニアが、西方の小国ガラムに軍事侵攻したとの一報が届いた。その報せを受けてエリオット国政府は、HEROに市街地奪還を命じ、ガラムの援軍として現地に派遣することを決めた。この任務が、後に世界の未来を左右する戦いの序章になることを、この時の兄妹はまだ知る由も無かった。