【ラグナロク編】

警備会社「イージス・セキュリティ・サービス」に勤務している、性格も容姿も正反対な二人組アール・O・グレイブスとラビ・キビレフ。二人が普段通りお互いの罵詈雑言を吐き散らしつつ、依頼人の警護を務めていると、ある一人の少女と出会した。少女の名前は知花冬花。ある組織に追われ、逃げていた冬花を助けた二人は彼女を保護し、事情を説明してもらった後、彼女の姉である知花夏花の捜索に協力することとなる。捜索を開始してから数日後の夜、ついに夏花を発見したのだが……。

【デッドボール・エイツ編】

ラグナロクとの死闘から半年後。知花姉妹はラグナロクの長年に渡るラグナロクの呪縛からようやく解き放たれ、イージス社の面々もまた平穏な時間を送っていた。そんなある日、宇宙政府「ISG」の高官からしばらく護衛を務めてほしいとの依頼が来た。ところが護衛の対象は依頼人の政府高官ではなく、その一人娘であった。イージス社は依頼を承諾して少女の護衛を開始したが、その直後、謎の組織「デッドボール・エイツ」からの襲撃を受ける。辛うじて護衛対象の少女を護れたイージス社は、有力な新入社員を多数引き入れ、新たなる敵デッドボール・エイツと戦うことを決めた。

惑星ミュゼの地下施設を拠点とする組織「綜覧社」は、全世界の情報を記録し管理することを目的として設立された。綜覧社に属する者を「記述者」と呼び、彼等はありとあらゆる場所に足を運び、自身の手で記述した情報を「賢者達」に提出することを命じられている。しかし、主人公の如月シンジは違った。彼は一人で記述者と賢者達の両方をこなし、自由気ままに世界中を旅して回っているのだ。しかし、綜覧社と敵対する謎の集団「グレンデル」の登場により、シンジもまた陰謀渦巻く戦いへと巻き込まれることとなる。

A.O.G.2970から施行された「WW制度」とは、宇宙に棲息するモンスターの生態を観察し、その結果を政府に提出することで報酬を得られるという画期的な制度である。更に、WW制度に認められた「観察者ウォッチャー」は世界各地を飛び回り、多種多様なモンスターを「視る」ことができるようになる。誰もが研究者になれる可能性を秘めたこの制度は、徐々にだが知名度が上がっていき、やがて多くの「観察者」を輩出するようになるまでに至った。そしてA.O.G.3000。アクライアファクトリーにある異生物生態研究部、通称「モン研！」の部長レイア・フィッツディースもまた「観察者」であり、彼女を中心にして壮大な物語が進んでいく。

ファクトリーの裏側で暗躍するサークル「XcutionnerS」は、学園の「裏」の便利屋として、犯罪スレスレの依頼すらも平然とこなす。彼等の正体が表沙汰にされることは一切無く、ごく限られた人間のみぞ知る秘密裏の存在として学生達の裏社会に君臨していた。某日、主人公のシュヴァルツ・ヴォストマンは、同じサークルの仲間が入手した情報を耳にする。それは、XcutionnerSの会員になった外部の人間が次々と惨殺されているという衝撃的な事実だった。いったいどこのバカ野郎の仕業なのか。これ以上の業務妨害は看過できないと判断したシュヴァルツ達は、やがて壮絶な死闘に巻き込まれていくこととなる。誰にも知られてはならないファクトリーの「裏」の物語、ここに登場。